它们是不同的。农村信用社是计划经济的一个延续，和现在还有的供销社是一个性质的，并且产权不明确。
农商银行是一家通过农村信用社股份制改革成立的股份制银行，它是地方性金融机构。当农民不从事农业生产活动的时候，信用社就会开始从事商业化经营，这样的话农村信用社就能进行股份制改革变成农商银行。但还没有改变的农村信用社就还是独立的企业法人，每个信用社都是自负盈亏的。所以这两个银行还是有一些差别的，而且农村信用社的业务也不能去农商银行办理，两个银行之间的业务也是相互独立的。
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