中国古代对和田玉的颜色非常重视，它不仅是质量的重要标志，而且附含于一定的意识形态。古人可能受五行说的影响，依四方和中央分配五色玉，东方为青，西方为白，南方为赤，北方为黑，中央为黄。古代以青、赤、黄、白、黑五色为正色，其它为间色。从而将玉也分为五色。
王逸《玉论》中载玉之色为："赤如鸡冠，黄如蒸栗，白如截脂，墨如纯漆，谓之玉符。而青玉独无说焉。今青白者常有，黑色时有，而黄赤者绝无"。这是说，玉有白、青、黑、赤、黄五色，而常见为青色、白色。付恒等纂《西域图志》说，和阗玉河所出玉有：绀、黄，青，碧，白数色。椿园《西域闻见录》说，叶尔羌所产之玉，各色不同，有白、黄、赤、黑、碧诸色。
古人对玉色说法不尽相同，经我们调查和阗玉实际上只有白、青、墨、黄四色。另外，在昆仑山的某些地区和阿尔金山地区还产碧玉，也为软玉，成因与超基性岩有关，如同加拿大碧玉和新疆玛纳斯碧玉相似，但也可以归于和阗玉范围。不同颜色的玉，质量也不尽相同，如《新疆格古要论·珍宝论》中说：“玉出西域于阗国，有五色……凡看器物白色为上，黄色碧玉亦贵。”中国自古以来，白色为纯洁的象征。《汉书·匡衡传》：“ 显洁白之士。”所以人们喜爱白色。白玉不仅颜色白，而且质地也好，深的人们宠爱，被列为珍品。
按和田玉中出现的颜色可分为五个色系
1. 白色系列：
在和田玉中白色玉也有不少品种：羊脂白;雪花白、梨花白、象牙白、鱼肚白、糙米白、鸡骨白等等。其中以细润莹洁的羊脂白最佳。在历史上称 白玉之精、玉英、玉王 。
2. 绿色系列：
在青白玉、青玉中常呈浅绿白色、淡绿色、灰绿色，在碧玉中为绿色至暗绿色。从青白玉、青玉、碧玉依次排列，随着颜色的加深，氧化铁的含量有所增高，碧玉中普遍含铬、镍、钻等超基性岩特有的元素。碧玉中组成矿物除透闪石外，开始出现阳起石或含铁较多的透闪石。因而呈现不同色调、浓淡的绿色。黑斑和玉筋明显。含少量杂质矿物。
3. 黄色系列：
黄玉中有黄色、米黄色、蜜蜡黄、栗色黄、秋葵黄、葵花黄、鸡蛋黄、半色黄、黄杨黄等，其中以栗色黄、蜜蜡黄者为上。其他黄次之。黄玉其色黄正而娇，越浓亮越珍贵，其珍贵价值不在羊脂玉之下，且比羊脂玉还少见。多为含氧化铁引起之色。
4. 黑色系列：
和田玉中的墨玉(黑玉)有呈灰黑、黑色。黑色有时不均匀呈浸染状、黑点状、云雾状、纯漆黑等色。优质者黑如纯漆。因罕见而珍贵。墨玉又称黑玉、或在黑玉中出现青玉、也有在青玉、白玉中出现墨玉。呈色原因主要由于在透闪石粒间存在有微鳞片状石墨杂质所致。黑色的程度有强有弱，深浅分布均有差别。
5. 褐红色系列及其他色：
和田玉中有因色似红糖而称糖玉。多呈紫红色、褐红色、血红色(罕见)。在糖玉部位中的透闪石粒间分布有褐铁矿，说明糖玉是由于氧化铁污染透闪石而形成红色或褐黄色。含氧化锰可呈紫红色。
